• Le préfet, secrétaire général de la préfecture,  dirige les services juridiques, administratifs (élections, actions et finances de l'État, budget, marchés...) et des ressources humaines. La direction de la cohésion sociale est également placée sous son autorité fonctionnelle. Enfin, il est appuyé dans l'exercice de ses missions par un chef de cabinet et par un sous-préfet, chargé de mission pour la politique de la ville.
• Le préfet, secrétaire général pour les affaires régionales , assure ses missions dans le cadre de la régionalisation des politiques publiques engagée récemment par l'État. Il a également en charge la direction des services administratifs et la plate-forme interministérielle d'appui à la gestion des ressources humaines. En outre, il dispose de la mission des affaires juridiques, placée sous l'autorité du préfet, secrétaire général de la préfecture, pour les compétences qui relèvent de l'échelon régional (contrôle de légalité, contentieux, conseil).
• Enfin, un cabinet unique placé sous l'autorité du préfet de région  est dirigé par un sous-préfet, directeur de cabinet, assisté d'un sous-préfet, chef de cabinet. Il est composé de cinq services : service de la stratégie et de l'analyse, service de la communication, service des systèmes d'information, service du protocole et de l'accueil, service des urgences sociales, des affaires civiles et économiques de défense.

Organigramme